Eras históricas
Era antigua y bizantina
Como surge de los hallazgos de las excavaciones de 1985-6 y 1994, en la “cueva de Za” hay una presencia humana continua desde los finales del Periodo Neolítico (4.300-3.200 a.C.).
En el área más amplia de Filoti y específicamente en Akrotiri (cabo) y en Kalandós se han encontrado muchas tumbas antiguas, mientras que del Neolítco final se conserva la ¨Torre del arroyo¨.
Kalandós, en la antigϋedad, tenía estrechas relaciones debido a la adyacencia con las Pequeñas Cícladas.
Estas relaciones continuaron hasta recientemente y se diferenciaron solo con el cambio de las condiciones creado por la conexión marítima costera de las Pequeñas Cícladas con Jora. Esto también constata el libro de caja con los ´veresedia´ (montos de ventas a crédito) de la ¨vieja herrería¨ en Fasolás.
Como en toda la isla de Naxos, así en la zona más amplia de Filoti, la éra bizantina ha dejado intensos signos con las iglesias, cuya construcción se refiere a estos tiempos.
Dominio franco – Dominio turco
Durante la ocupación por los francos, el pueblo constituyó una Toparquía (región administrativa) importante – una de las 56 en las que se dividió la isla- llevando el nombre ¨Filotis¨.
Bajo los francos los filotitas se convirtieron en siervos en las tierras fértiles de los territorios y trabajaron como pequeños agricultores en los páramos de la zona.
Un legado arquitectónico de la época franca es el castillo de Barotsi que se cierne sobre el pueblo y está habitado continuamente hasta hoy.
En 1344 los piratas turcos destruyeron el asentiamiento filotítico de Arión, cuyos habitantes se reubicaron en Filoti.
En 1537 Naxos fue conquistada por los turcos, sin embargo los francos –que se covirtieron en tributarios- continuaron siendo dueños y explotadores de la tierra de la isla, y los filotitas continuaron siendo siervos.
En 1566 los filotitas se convirtieron en ciudadanos del Imperio otomano y, como tal, ahora podían emigrar por trabajo a otras partes del Imperio.
Así tuvieron la oportunidad de emigrar a Constantinopla, a Vurla y a Smirni.
El poeta nobelista Seferis que vino de Vurla era un filotita por parte de su madre.
Desde 1621 en adelante los naxiotas no sintieron en absoluto la influencia turca, aunque estaban bajo la administración otomana. La opresión vino de los francos, que ahora actuaban no como conquistadores, sino como señores feudales.
De hecho, desde 1621 se estableció ¨la institución de los bienes comunales¨ y Filoti formó parte de lo ¨Bienes comunales de los pueblos¨. Eso significó que se administraba bajo una autoridad comunal con el consejo de los ancianos ¨Dimoguérondes´, quienes tomaban decisiones colectivamente y las presentaban para su aprovación a la aministración otomana.
Estando bajo doble ocupación los naxiotas empezaron a sentirse más oprimidos y en 1641 los campesinos procedieron a una insurrección.
El resultado de esta insurrección fue la limitación de los privilegios de los francos y la concesión de más libertades a los naxiotas.
De hecho, las disputas ya no eran entre los griegos y los venecianos como conquistadores, sino entre los habitantes económicamente –y no solo económicamente- oprimidos y el señor feudal.
Bajo tales circumstancias los filotitas reclamaron una parte del ¨Lajanarió¨ para la construcción de la iglesia en el sitio de la pequeña iglesia bizantina más antigua.
Como resultado de estas reivindicaciones, en 1717 se otorgó toda la zona del ¨Lajanarió¨ para la creación, no solo de la iglesia, sino también de la plaza grande.
En 1669 Filoti fue el destino de los refugiados cretenses debido a la conquista de Creta por los turcos.
La isla de Naxos después de la Revolución griega de 1821
Naxos ha sido provincia del estado griego libre desde su fundación.
En 1835 se integró al municipio de Aperantía teniendo sede en Apírantos.
En 1840 pasó a formar parte del municipio de Tragea.
En 1833 los Barotsis donaron el terreno frente a la iglesia y se construyó la ¨ escuela de varones de Filoti” (ahora ¨Vieja escuela¨) que comenzó a funcionar como tal en 1838.
En 1912 con más de 300 habitantes y una escuela primaria, Filoti se convirtió en una comunidad autónoma.
En 1917 la iglesia de San Nicolas fue concedida a los filotitas, la cual los francos habían convertido en católica desde el inicio de la ocupàción veneciana (1207).
En 1991 Kalandós se declaró asentamiento y se adhirió a la comunidad de Filoti.
En 1997 Filoti se adhirió a la municipalidad capodistriana de Drimalia teniendo sede en Jalkí.
Desde 2010 Filoti constituye la comunidad municipal del municipio de Naxos y de las Pequeñas Cícladas.