Geschichte

Antike und byzantinische Zeit
Nach den Funden der Ausgrabungen 1985-6 und 1994 gibt es in der „Höhle von Za“ eine kontinuierliche menschliche Präsenz aus der Neusteinzeit (4.300 – 3.200 v. Chr.).
In der weiteren Umgebung von Filoti und speziell in Akrotiri und Kalantos wurden viele antike Gräber gefunden, während aus der hellenistischen Zeit der „Wasserfall Turm“ erhalten ist.
In der Antike hatte Kalantos – aufgrund seiner Nähe – eine direkte Beziehung zu den Kleinen Zykladen. Diese Beziehung hielt bis vor kurzem an und änderte sich erst mit der Änderung der Umstände, die durch die Schiffsverbindung der Kleinen Zykladen zu Chora entstanden. Dies geht aus dem Notizbuch mit den Eintragungen über Verkäufe auf Kredit des „Alten Schmieds“ in Fasolas hervor.
Wie auf ganz Naxos hat auch in der weiteren Umgebung von Filoti die byzantinische Zeit starke Spuren mit Kirchen hinterlassen, deren Bau auf diese Zeit zurückgeht.

Die Fränkische – Osmanische Herrschaften
Während der fränkischen Besatzung (1207–1537) wurde das Dorf zu einer wichtigen Toparchie – eine der 56, auf die, die Insel geteilt wurde – und trug den Namen „Filotis“.
Unter den Franken wurden die Filotiter Sklaven der fruchtbaren Länder und freie Kleinbauern der Unfruchtbaren Länder ihrer Gegend.
Das architektonische Erbe der fränkischen Besatzung ist der Barozzi-Turm, der das Dorf dominiert und bis heute ununterbrochen bewohnt ist. Um 1344 zerstörten türkische Piraten die Filotitische Siedlung Aria, deren Einwohner nach Filoti zogen.
Im Jahr 1537 wurde Naxos von den Türken besetzt, aber die Franken – die Steuersubjekte der Türken wurden – besetzten und nutzten weiterhin das Land der Insel, wobei die Filotiten weiterhin Sklaven blieben.
1566 wurden die Filotiten Bürger des Osmanischen Reiches und konnten als solche nun zur Arbeit in andere Teile des Reiches auswandern. So erhielten sie die Möglichkeit, nach Konstantinopel, Vourla und Izmir auszuwandern.
Die Mutter, des aus Vourla stammenden, mit dem Nobelpreis ausgezeichneten Dichters Georgios Seferis stammte aus Filoti. Ab 1621 spürten die Naxier fast keinen türkischen Einfluss mehr, obwohl sie formal unter osmanischer Herrschaft standen. Die Unterdrückung kam von den Franken, die nicht mehr als Eroberer, sondern als Lehnsherren agierten.
Tatsächlich wurde ab 1621 die Institution der Allgemeinschaft eingeführt und Filoti der „Allgemeinschaft der Dörfer“ unterstellt. Dies bedeutete, dass es von einer Gemeindeverwaltung mit Ältesten geleitet wurde, deren Entscheidungen kollektiv getroffen und der türkischen Verwaltung zur Genehmigung vorgelegt wurden.
Unter der Doppelbesetzung fühlten sich die Naxianer immer mehr unterdrückt und 1641 revoltierten die Bauern. Das Ergebnis der Revolte war die Privilegien der Franken einzuschränken und den Naxiern mehr Freiheiten zu gewähren.
Tatsächlich bestanden die Unterschiede nicht mehr zwischen Griechen und Venezianern als Eroberern, sondern zwischen den wirtschaftlich unterdrückten – und nicht nur – Einwohnern und dem Feudalherrn. Unter diesen Umständen beanspruchten die Filotiten einen Teil vom Gemüsegarten für den Bau der heutigen Jungfrau von Filoti an der Stelle der älteren kleinen byzantinischen Kirche.
Als Ergebnis dieser Ansprüche wurde 1717 der gesamte Gemüsegarten abgetreten, um nicht nur den Tempel, sondern auch einen großen Platz zu schaffen. 1669 begrüßte Filoti kretische Flüchtlinge aufgrund der Besetzung Kretas durch die Türken.

Naxos nach der Revolution von 1821
Naxos ist seit seiner Gründung eine Provinz des griechischen Freistaates.
1835 wurde Filoti Teil der Gemeinde Aperanthia mit Sitz in Apeiranthos.
Im Jahr 1840 gehört es der Gemeinde Tragaia an
1833 stifteten die Barozzi das Grundstück gegenüber der Kirche und es wurde die „Schule für die Knaben von Filoti“ (heute die „Alte Schule“) des Dorfes gebaut, die 1838 als solche betrieben wurde.
1912 wurde Filoti mit mehr als 300 Einwohnern und einer Grundschule eine autonome Gemeinde.
1917 wurde die Kirche Agios Nikolaos an die Filotiten übergeben, die die Franken seit Beginn der venezianischen Besatzung (1207) in eine katholische Kirche umgewandelt hatten.
1991 wurde Kalantos als Siedlung anerkannt und der Gemeinde Filoti angegliedert.
1997 wurde Filoti der kapodistrischen Gemeinde Drymalia mit Sitz in Chalki angegliedert.
Seit 2010 ist Filoti eine Gemeinde der Gemeinde Naxos und der Kleinen Zykladen.