Ιστορικοί χρόνοι

Αρχαία και Βυζαντινή Εποχή
Όπως προκύπτει από τα ευρήματα των ανασκαφών 1985-6 και 1994, στη «Σπηλιά του Ζα» υπάρχει συνεχής ανθρώπινη παρουσία από τη νεότερη νεολιθική εποχή (4.300 – 3.200 π.χ.).
Στην ευρύτερη περιοχή του Φιλοτιού και συγκεκριμένα στο Ακρωτήρι και στον Καλαντό έχουν βρεθεί πολλοί αρχαίοι τάφοι, ενώ από την ελληνιστική εποχή διασώζεται ο «Πύργος του Χειμάρρου».
Ο Καλαντός είχε στην αρχαιότητα άμεση σχέση –λόγω γειτνίασης– με τις Μικρές Κυκλάδες.
Η σχέση αυτή συνεχίστηκε μέχρι πρόσφατα και άλλαξε μόνο με την αλλαγή των δεδομένων που δημιούργησε η ακτοπλοϊκή σύνδεση των Μικρών Κυκλάδων με τη Χώρα. Αυτό μπορεί να το διαπιστώσει κάποιος και από το τεφτέρι με τα βερεσέδια του «Παλιού Σιδηρουργείου» στον Φασολά.
‘Όπως σε ολόκληρη τη Νάξο, έτσι και στην ευρύτερη περιοχή του Φιλοτιού, η βυζαντινή εποχή έχει αφήσει έντονα σημάδια με εκκλησίες, το κτίσιμο των οποίων ανάγεται στην εποχή αυτή (βλέπε Βυζαντινές Εκκλησίες της Περιοχής Φιλοτίου).

Φραγκοκρατία – Τουρκοκρατία
Στη διάρκεια της Φραγκοκρατίας (1207–1537) το χωριό απετέλεσε σημαντική Τοπαρχία –μια από τις 56 που είχε χωριστεί το νησί– φέρουσα το όνομα «Φιλότης».
Υπό τους Φράγκους οι Φιλοτίτες μετατράπηκαν σε δουλοπάροικους των εύφορων εδαφών και ελεύθεροι μικροκαλλιεργητές των άγονων της Περιοχής τους.
Αρχιτεκτονική κληρονομιά της Φραγκοκρατίας αποτελεί ο Πύργος των Μπαρότσι που δεσπόζει στο Χωριό και κατοικείται αδιαλείπτως μέχρι σήμερα.
Περί το 1344 Τούρκοι πειρατές κατέστρεψαν τον φιλοτίτικο οικισμό των Αριών, οι κάτοικοι του οποίου μετοίκησαν στο Φιλότι.
Το 1537 η Νάξος κατελήφθη από τους Τούρκους, όμως οι Φράγκοι –που έγιναν φόρου υποτελείς των Τούρκων– συνέχισαν να κατέχουν και να εκμεταλλεύονται τη γη του νησιού με τους Φιλοτίτες να παραμένουν δουλοπάροικοι.
Το 1566 οι Φιλοτίτες γίνονται υπήκοοι της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και ως τέτοιοι μπορούσαν πλέον να μεταναστεύουν για εργασία σε άλλα μέρη της αυτοκρατορίας.
Έτσι τους δόθηκε η ευκαιρία να μεταναστεύσουν στην Κωνσταντινούπολη, στα Βουρλά και στη Σμύρνη.
Ο νομπελίστας ποιητής Γιώργος Σεφέρης, που καταγόταν από τα Βουρλά, ήταν από τη μάνα του Φιλοτίτης.
Από το 1621 οι Ναξιώτες δεν αισθάνθηκαν σχεδόν καθόλου την τούρκικη επιρροή, παρότι τυπικά ήταν υπό Οθωμανική Διοίκηση. Η καταπίεση προερχόταν από την πλευρά των Φράγκων οι οποίοι ενεργούσαν πλέον όχι ως κατακτητές, αλλά ως Φεουδάρχες.
Μάλιστα, από το 1621 και μετά καθιερώθηκε ο Θεσμός των Κοινών και το Φιλότι υπήχθη στο «Κοινό των Χωριών». Αυτό σημαίνει ότι διοικούνταν από κοινοτική διοίκηση με Δημογέροντες, οι αποφάσεις των οποίων λαμβάνονταν συλλογικά και υποβάλλονταν για έγκριση στην τουρκική διοίκηση.
Υπό διπλή κατοχή λοιπόν οι Ναξιώτες άρχισαν να αισθάνονται περισσότερο καταπιεσμένοι και το 1641 οι αγρότες εξεγέρθηκαν.
Αποτέλεσμα της εξέγερσης ήταν να περιοριστούν τα προνόμια των Φράγκων και να δοθούν περισσότερες ελευθερίες στους Ναξιώτες.
Οι διαφορές μάλιστα δεν ήταν πλέον μεταξύ Ελλήνων και Ενετών, ως κατακτητών, αλλά μεταξύ των καταπιεζόμενων οικονομικά –και όχι μόνον– Κατοίκων και του Φεουδάρχη.
Υπό τις συνθήκες αυτές οι Φιλοτίτες διεκδίκησαν κομμάτι του Λαχαναριού για την ανέγερση της σημερινής Παναγιάς του Φιλοτιού, στη θέση της παλαιότερης μικρής βυζαντινής εκκλησίας.
Ως αποτέλεσμα, το 1717 παραχωρείται ολόκληρο το Λαχαναριό για να δημιουργηθεί όχι μόνο ο ναός, αλλά και μεγάλη πλατεία.
Το 1669 το Φιλότι υποδέχθηκε Κρητικούς πρόσφυγες, λόγω κατάληψης της Κρήτης από τους Τούρκους.

Η Νάξος μετά την Επανάσταση του 1821
Η Νάξος αποτελεί Επαρχία του Ελεύθερου Ελληνοκού Κράτους από ίδρυσής του.
Το 1835 εντάσσεται στον Δήμο Απερανθίας, με Έδρα την Απείρανθο.
Το 1840 υπάγεται στον Δήμο Τραγαίας
Το 1833 οι Μπαρότσι δωρίζουν το κομμάτι γης απέναντι από την εκκλησία και κτίζεται το «Σχολείο Αρρένων Φιλοτίου» (σημερινό «Παλιό Σχολείο») του Χωριού, το οποίο λειτούργησε ως τέτοιο το 1838.
Το 1912 ως υπερβαίνον τους 300 κατοίκους και διαθέτον σχολείο στοιχειώδους εκπαίδευσης, το Φιλότι αποτελεί αυτόνομη Κοινότητα.
Το 1917 παραδίδεται στους Φιλοτίτες η εκκλησία του αγίου Νικολάου που οι Φράγκοι είχαν μετατρέψει σε καθολική με την έναρξη της Ενετοκρατίας (1207).
Το 1991 ο Καλαντός αναγνωρίζεται ως οικισμός και προσαρτάται στην Κοινότητα Φιλοτίου.
Το 1997 το Φιλότι προσαρτάται στον Καποδιστριακό Δήμο Δρυμαλίας με ΄Εδρα το Χαλκί.
Από το 2010 το Φιλότι αποτελεί Δημοτική Κοινότητα του Δήμου Νάξου και Μικρών Κυκλάδων.